香港男人在深圳建立家庭，在香港工作，每天“冲关”，奔走中港两地，面对工作及生活，这是每一个香港人及内地同胞所热衷话题，【爸爸两边走】选择了这题材为主轴，剧情以温情伦理为主导，故事以写实手法描述香港及内地人对婚姻及感情的看法，回归之后香港及中国之间生活变迁为重点，以亲情及爱情为原素。并以崭新手法，以国内全实景拍摄作包装，给予观众清新写实的感觉。演员阵容鼎盛，包括：林韦辰、万绮雯、张文慈、袁文杰、江美仪、吴廷烨、楼南光、吕有慧、谢雪心、杜挺豪等，全情投演，反影社会实况。
任职男护事的曾耀乾，带着儿子曾诚到机场妻子接机，无意中发现了妻子方泗曼原来与上司杨永祥有奸情，耀乾曾经想挽救这段婚姻危机，无奈妻子将婚姻及事业挂了勾…结婚七年，妻子由一个护士晋升至行政经理，而耀乾还停留在男看护阶段，夫妻的距离由近而远，渐渐同床异梦。耀乾知道无法挽救这段婚姻，欲与妻子离婚，妻子感觉对家庭仍有责任，不肯离异，耀乾为了让妻子死心，带着儿子离去，回到深圳暂住。
耀乾一边在香港工作，一边要回到深圳照顾儿子，开始了爸爸两边走的生活，耀乾每天“冲关”时发觉，原来有很多香港人也是跟他一般的遭遇，每日奔走中港两地，面对工作及生活。当耀乾渐渐适应了中港两边走的生活后，开始在国内认识了不少朋友，其中一个是弱视的钢琴教师常萍，常萍虽然弱视，但人却坚强，对生命充满寄望，不但不需要人照顾，还能反过来照顾耀乾及曾诚…日久生情，耀乾与常萍渐成爱侣。
常萍有一个愿望，希望能参加全国音乐比赛，可惜身体残疾使她不能如愿，耀乾想尽法子帮助常萍治好了她的眼疾，使常萍可以如愿，在数万人面前表演钢琴，常萍喜极而泣…而耀乾也在帮助常萍的过程里，在失败婚姻阴影中爬起来，重新做人。当耀乾及常萍感情成熟，准备结婚之时，却遇到最大的考验…泗曼与永祥的感情告终，想吃回头草，就算不能得回耀乾的爱，也要得回儿子曾诚…最后耀乾面对情义的抉择，作出了一个肯定的抉择…继续爸爸两边走的生活。
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